Fledermäuse gehören zu den besonders gefährdeten und somit schützenswerten Arten. 17 der deutschen Arten werden in den Gefährdungskategorien der Roten Liste Deutschlands geführt. Die Kobolde der Nacht haben kaum natürliche Feinde, gehören jedoch zu den Lebewesen, die am meisten unter intensiver Land- und Forstwirtschaft sowie der Vernichtung natürlicher Lebensräume durch den Menschen leiden. Daraus folgt die Zerstörung der Quartiere und die Reduzierung der Nahrungsquellen.
Diese Quartiere benötigen die Säugetiere jedoch zwingend, denn sie haben einen vom Klima bestimmten Jahresablauf. Die meisten europäischen Fledermausarten suchen etwa ab Ende August nach geeigneten Winterquartieren, die für die kalten Monate ausreichend Schutz bieten. Gleichzeitig nutzen sie diese Quartiere für ihren Winterschlaf und für die Fortpflanzung. Bestens geeignet hierfür sind Höhlen, Stollen, Bunker- und Festungsanlagen, aber oftmals auch leerstehende Gebäude aller Art mit passenden Gegebenheiten. Aus diesem Grund sind während der gesetzlichen Fledermausschutzzeit vom 1. Oktober bis 31. März solche Quartiere tabu für Fotografen, Geocacher oder sonstige "Begeher". Ein entsprechender Hinweis ist oft an Orten zu finden, an denen sich die Nager in den Wintermonaten aufhalten.
Am 1. März 2010 trat das neue Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) aufgrund der Föderalismusreform in Kraft. Dieses bildet die rechtliche Basis für die Schutzgüter Natur und Landschaft und die Maßnahmen von Naturschutz und Landschaftspflege.
Auszug aus dem Bundesnaturschutzgesetz, § 39, Absatz 6: Es ist verboten, Höhlen, Stollen, Erdkeller oder ähnliche Räume, die als Winterquartier von Fledermäusen dienen, in der Zeit vom 1. Oktober bis zum 31. März aufzusuchen; dies gilt nicht zur Durchführung unaufschiebbarer und nur geringfügig störender Handlungen sowie für touristisch erschlossene oder stark genutzte Bereiche.
Fledermäuse haben weder eine innere Uhr, noch halten sie sich exakt an die gesetzliche Schutzfrist des Menschen. Verläuft ein Winter streng, und reicht bis weit in den März hinein, so verlängert sich auch die Zeit, in der die Fledermäuse nicht gestört werden sollten. Diese fliegen erst nach entsprechenden Weckreizen aus, wenn gewährleistet ist, dass bereits ausreichend Nahrung zu finden ist. Ist diese Nahrung aufgrund der Witterungsverhältnisse noch nicht gegeben, muss der Mensch weiter Rücksicht walten lassen, um "Umsonstflüge" der Tiere zu vermeiden. Ansonsten werden über den Winter angesammelte Energiereserven umsonst verbraucht.
Wer einmal eine hilfsbedürftige oder gestrandete Fledermaus findet, sollte schnell handeln und sich zusätzlich beim NABU oder dem behördlichen Naturschutz in der Nähe melden und die Adresse eines Fledermausexperten geben lassen. Denn eine fachgerechte Auskunft oder Hilfe ist bei den besonders geschützten Flugtieren besonders wichtig!
